Захист даних в Реєстрі встановлюється на рівні, що відповідає ступеню обмеження доступу до них, та забезпечується з дотриманням вимог Законів України “Про інформацію”, “Про захист персональних даних”, “Про захист інформації в інформаційно-комунікаційних системах” шляхом здійснення організаційних та інженерно-технічних заходів із використанням програмно-технічних засобів відповідно до законодавства та із застосуванням засобів криптографічного захисту інформації, відповідність яких підтверджується експертним висновком за результатами державної експертизи у сфері криптографічного захисту інформації.