Обробка та захист даних, зокрема персональних, у Реєстрі здійснюються відповідно до Законів України “Про захист персональних даних”, “Про захист інформації в інформаційно-комунікаційних системах”.
Інформація з обмеженим доступом, вимога щодо захисту якої встановлена законом, обробляється в авторизованих системах з безпеки або шляхом отримання сертифіката відповідності стандарту інформаційної безпеки, виданого органом з оцінки відповідності.