Фінансування створення, доклінічного вивчення, клінічного випробування, виробництва, контролю якості лікарських засобів здійснюється за рахунок Державного бюджету України, бюджету Автономної Республіки Крим і місцевих бюджетів, позабюджетних фондів, коштів підприємств, установ, організацій та громадян, а також будь-яких інших джерел, не заборонених законодавством.
Витрати на фінансування наукових робіт по створенню нових лікарських засобів відносяться на рахунок собівартості продукції в порядку, визначеному Кабінетом Міністрів України.
З коштів, одержаних від сплати збору за державну реєстрацію лікарського засобу, 60 відсотків спрямовується на розвиток державної системи реєстрації лікарських засобів і 30 відсотків - на розвиток системи державної інспекції з контролю якості лікарських засобів. На розвиток системи державної інспекції з контролю якості лікарських засобів спрямовується також 10 відсотків сум штрафів, стягнутих з суб'єктів господарської діяльності за порушення ними вимог законодавства щодо забезпечення якості лікарських засобів.