До компетенції Головної державної інспекції з карантину рослин України належить:
1) керівництво роботою Центральної науково-дослідної карантинної лабораторії та Центральним фумігаційним загоном, прикордонної державної інспекції з карантину рослин Республіки Крим, прикордонних обласних, обласних і міських державних інспекцій з карантину рослин;
2) визначення порядку завезення і використання насіння, рослин і продукції рослинного походження з-за кордону, їх перевезення на території України і за її межами за погодженням з карантинними службами тих країн, з якими Україна має договори, на підставі конвенції або угоди між державами про співробітництво;
3) вивчення видового складу, біології та екології карантинних й інших небезпечних шкідників, хвороб рослин і бур'янів, відсутніх на території країни, розробка прогнозу їх поширення з метою запобігання завезенню, де вони можуть призвести до збитків;
4) видання відповідних інструкцій, положень, правил, наказів та інших нормативних документів з карантину рослин;
5) ведення обліку і видання інформації щодо поширення карантинних об'єктів;
6) проведення експертизи підкарантинних матеріалів та об'єктів;
7) видача карантинних документів на імпорт насіння, рослин та продукції рослинного походження;
8) внесення подання до Кабінету Міністрів України про запровадження особливого карантинного режиму;
9) координація разом з Міністерством сільського господарства і продовольства України, Українською академією аграрних наук науково-дослідних робіт з карантину рослин;
10) здійснення контролю за додержанням законодавства про карантин рослин, в тому числі при укладанні договорів (контрактів) на завезення з-за кордону продукції рослинного походження;
11) пропаганда знань з карантину рослин;
12) державний контроль за проведенням карантинних заходів підприємствами, установами, організаціями та громадянами.
Державна служба з карантину рослин здійснює свою діяльність спільно із Службою безпеки України, Міністерством внутрішніх справ України, Державним комітетом у справах охорони державного кордону Державною прикордонною службою України, Державним митним комітетом України, місцевими органами державної виконавчої влади, іншими державними органами, органами місцевого та регіонального самоврядування. ( Частина друга статті 6 із змінами, внесеними згідно із Законом N 662-IV ( 662-15 ) від 03.04.2003 - набуває чинності з 01.08.2003 року )
Підприємства, установи, організації та громадяни зобов'язані сприяти державним інспекторам з карантину рослин у виконанні покладених на них завдань.
Правила фітосанітарного контролю, видані Головною державною інспекцією з карантину рослин України в межах її компетенції, є обов'язковими для виконання всіма державними органами, а також підприємствами, установами і організаціями, посадовими особами та громадянами.