До компетенції Головної державної інспекції з карантину рослин України належить:
1) керівництво роботою Центральної науково-дослідної карантинної лабораторії та Центральним фумігаційним загоном, прикордонної державної інспекції з карантину рослин Республіки Крим, прикордонних обласних, обласних і міських державних інспекцій з карантину рослин;
2) визначення порядку завезення і використання насіння, рослин і продукції рослинного походження з-за кордону, їх перевезення на території України і за її межами за погодженням з карантинними службами тих країн, з якими Україна має договори, на підставі конвенції або угоди між державами про співробітництво;
3) вивчення видового складу, біології та екології карантинних й інших небезпечних шкідників, хвороб рослин і бур'янів, відсутніх на території країни, розробка прогнозу їх поширення з метою запобігання завезенню, де вони можуть призвести до збитків;
4) видання відповідних інструкцій, положень, правил, наказів та інших нормативних документів з карантину рослин;
5) ведення обліку і видання інформації щодо поширення карантинних об'єктів;
6) проведення експертизи підкарантинних матеріалів та об'єктів;
7) видача карантинних документів на імпорт насіння, рослин та продукції рослинного походження;
8) внесення подання до Кабінету Міністрів України про запровадження особливого карантинного режиму;
9) координація разом з Міністерством сільського господарства і продовольства України, Українською академією аграрних наук науково-дослідних робіт з карантину рослин;
10) здійснення контролю за додержанням законодавства про карантин рослин, в тому числі при укладанні договорів (контрактів) на завезення з-за кордону продукції рослинного походження;
11) пропаганда знань з карантину рослин;
12) державний контроль за проведенням карантинних заходів підприємствами, установами, організаціями та громадянами.
Державна служба з карантину рослин здійснює свою діяльність спільно із Службою безпеки України, Міністерством внутрішніх справ України, Державною прикордонною службою України, Державним митним комітетом України, місцевими органами державної виконавчої влади, іншими державними органами, органами місцевого та регіонального самоврядування. ( Частина друга статті 6 із змінами, внесеними згідно із Законом N 662-IV ( 662-15 ) від 03.04.2003 - набуває чинності з 01.08.2003 року )
Підприємства, установи, організації та громадяни зобов'язані сприяти державним інспекторам з карантину рослин у виконанні покладених на них завдань.
Правила фітосанітарного контролю, видані Головною державною інспекцією з карантину рослин України в межах її компетенції, є обов'язковими для виконання всіма державними органами, а також підприємствами, установами і організаціями, посадовими особами та громадянами.