Фінансування фітосанітарних заходів здійснюється за рахунок коштів Державного бюджету України, коштів осіб та інших не заборонених законами України джерел.
Вичерпний перелік платних послуг центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері карантину рослин, визначається виключно цим законом та включає в себе проведення огляду, обстеження, аналіз, знезараження, інспектування, обробку, організацію та здійснення контролю за роботами з фумігації (знезараження) об'єктів регулювання.
Розміри платних послуг, які затверджує Кабінет Міністрів України, мають дорівнювати фактичним витратам на їх надання.