Фінансування фітосанітарних заходів здійснюється за рахунок коштів Державного бюджету України, коштів осіб та інших не заборонених законами України джерел.
Вичерпний перелік платних послуг Державної служби з карантину рослин України визначається виключно цим законом та включає в себе проведення огляду, обстеження, аналіз, знезараження, інспектування, обробку, організацію та здійснення контролю за роботами з фумігації (знезараження) об'єктів регулювання.
Розміри платних послуг, які затверджує Кабінет Міністрів України, мають дорівнювати фактичним витратам на їх надання.