Генеральний штаб Збройних Сил України:
доводить до Державної спеціальної служби транспорту директиви і накази Верховного Головнокомандувача Збройних Сил України, організовує їх виконання Державною спеціальною службою транспорту в особливий період;
бере участь у комплектуванні Державної спеціальної служби транспорту в мирний час і в особливий період та організовує розгортання її підрозділів;
організовує добір кваліфікованих фахівців для використання Державною спеціальною службою транспорту в особливий період, а також їх навчання і перепідготовку;
погоджує рішення щодо створення, реорганізації та ліквідації підрозділів Державної спеціальної служби транспорту, а також їх дислокації;
здійснює інші повноваження, передбачені законом.
В особливий період (з введенням в установленому відповідно до Конституції України ( 254к/96-ВР ) воєнного або надзвичайного стану) Державна спеціальна служба транспорту переводиться на воєнне становище і перепідпорядковується Генеральному штабу Збройних Сил України, про що зазначається в Указі Президента України про введення воєнного чи надзвичайного стану, який затверджується Верховною Радою України.