Генеральний штаб Збройних Сил України:
доводить до Державної спеціальної служби транспорту директиви і накази Верховного Головнокомандувача Збройних Сил України, Головнокомандувача Збройних Сил України, контролює їх виконання Державною спеціальною службою транспорту в особливий період;
бере участь у комплектуванні Державної спеціальної служби транспорту;
організовує добір кваліфікованих фахівців для використання Державною спеціальною службою транспорту в особливий період, а також їх навчання і перепідготовку;
погоджує рішення щодо створення, реорганізації та ліквідації військових частин Державної спеціальної служби транспорту, а також їх дислокації;
організовує забезпечення на особливий період матеріально-технічних засобів, військової техніки та інших ресурсів в обсягах, необхідних для виконання покладених на Державну спеціальну службу транспорту завдань;
{Частину першу статті 10 доповнено абзацом згідно із Законом № 3428-IV від 09.02.2006 }
погоджує строки та забезпечує проведення зборів з військовозобов’язаними (резервістами) Державної спеціальної служби транспорту;
{Частину першу статті 10 доповнено новим абзацом згідно із Законом № 2225-VIII від 05.12.2017 }
здійснює інші повноваження, передбачені законом.
Із введенням воєнного стану Державна спеціальна служба транспорту приводиться в готовність до виконання завдань за призначенням в умовах дії правового режиму воєнного стану і підпорядковується Головнокомандувачу Збройних Сил України, про що зазначається в указі Президента України про введення воєнного стану, який затверджується Верховною Радою України.