Державні податкові інспекції підпорядковуються вищестоящим інспекціям і свою практичну діяльність здійснюють у тісній взаємодії з органами державного управління республіки та виконавчими комітетами Рад народних депутатів.
Державна податкова служба діє при Міністерстві фінансів України і підпорядковується йому.
Державні податкові інспекції усіх рівнів координують свою роботу з фінансовими органами, банківськими установами, органами внутрішніх справ, суду, прокуратури, арбітражу, іншими контролюючими органами.
Державні податкові інспекції по Республіці Крим, областях, районах, містах і районах у містах підпорядковуються вищестоящим державним податковим інспекціям.
Державні податкові інспекції співпрацюють з фінансовими органами, установами банків, судами та арбітражними судами, Службою безпеки України, органами внутрішніх справ і прокуратури, а також державною контрольно-ревізійною службою, іншими контролюючими органами.