Державний нагляд за торговельним мореплавством в Україні покладається на центральний орган виконавчої влади в галузі транспорту, що здійснює контроль за дотриманням законодавства про мореплавство і міжнародних договорів України щодо мореплавства, а також нагляд за станом морських шляхів і загальне керівництво державною реєстрацією морських суден, дипломуванням спеціалістів морського флоту, рятувальною і лоцманською службою.
Державний нагляд за безпекою мореплавства флоту рибної промисловості, дотриманням міжнародних договорів України в галузі регулювання риболовства здійснює центральний орган виконавчої влади в галузі рибного господарства.