Державний нагляд за торговельним мореплавством в Україні покладається на Міністерство транспорту України, що здійснює контроль за дотриманням законодавства про мореплавство і міжнародних договорів України щодо мореплавства, а також нагляд за станом морських шляхів і загальне керівництво державною реєстрацією морських суден, дипломуванням спеціалістів морського флоту, рятувальною і лоцманською службою.
Державний нагляд за безпекою мореплавства флоту рибної промисловості, дотриманням міжнародних договорів України в галузі регулювання риболовства здійснює Міністерство рибного господарства України.