1. Для спеціальних природоохоронних територій держави-члени повинні запроваджувати необхідні природоохоронні заходи, включаючи, у разі потреби, відповідні плани управління, розроблені спеціально для таких ділянок або інтегровані в інші плани розвитку, а також відповідні законодавчі, адміністративні або договірні інструменти, які відповідають екологічним потребам, представлених на таких ділянках типів природних оселищ, перелічених у додатку I, та видів, перелік яких подано у додатку II.
2. Держави-члени повинні вживати належних заходів, щоб уникнути погіршення стану природних оселищ і оселищ видів у межах спеціальних природоохоронних територій, а також впливу на види, для яких були визначені такі території до тієї міри наскільки такий вплив може бути значним відносно цілей цієї Директиви.
3. Будь-який план або проект, який не має безпосереднього зв’язку з управлінням відповідною ділянкою та не є необхідним для управління нею, але з великою ймовірністю матиме на неї значний вплив окремо або в поєднанні з іншими планами або проектами, повинен проходити належне оцінювання щодо наслідків його впливу на таку ділянку з огляду на природоохоронні цілі, визначені для такої ділянки. На підставі результатів оцінювання наслідків впливу на ділянку та відповідно до положень параграфа 4, компетентні національні органи повинні надавати згоду на впровадження плану або проекту лише після того, як переконалися, що такий план чи проект не матиме негативного впливу на цілісність відповідної ділянки та, у відповідних випадках, після з’ясування думки суспільства.
4. Якщо, незважаючи на негативні результати оцінювання наслідків впливу на ділянку та за відсутності альтернативних рішень, план або проект все одно потрібно впровадити через вагомі причини, що становлять переважний суспільний інтерес, зокрема через причини соціального або економічного характеру, держава-член повинна вживати усіх необхідних компенсаційних заходів для забезпечення захисту загальної узгодженості мережі Natura 2000. Про вжиті компенсаційні заходи вона повинна повідомляти Комісію.
У разі, коли у відповідній ділянці представлений пріоритетний тип природного оселища та/або пріоритетний вид, єдиними питаннями, що можуть порушуватися у таких випадках можуть бути питання, пов’язані зі здоров’ям та безпекою людей, корисними наслідками першочергової ваги для довкілля або, відповідно до висновку Комісії, іншими вагомими причинами, що становлять переважний суспільний інтерес.