Фінансування витрат на утримання та експлуатацію космодрому Байконур, включаючи витрати на його соціальну сферу, здійснюється за рахунок дольових внесків сторін, визначених Міждержавною радою з космосу (з оборонних програм - Міністерствами оборони сторін), а у випадку необхідності на підставі відповідних двосторонніх угод.