Договірні Сторони призначають спільну комісію (далі-Комісію) з питань співробітництва в галузі охорони здоров'я та медичної науки, якій доручається практичне виконання цієї Угоди. У межах цієї Угоди Комісія, враховуючи закони та інструкції, чинні в кожній з держав, буде:
а) розробляти програми співробітництва на домовлений період;
б) визначати форми, методи та умови співробітництва;
в) оцінювати і аналізувати результати співробітництва.
Комісія складатиметься з представників Міністерств охорони здоров'я обох держав, а також із представників організацій згідно з рішенням Договірних Сторін і зустрічатиметься по черзі в Україні і в Словацькій Республіці.