Засідання Спільної комісії проводяться в разі потреби, але не менше, ніж раз на рік, поперемінно в Україні та Республіці Македонія.
У разі виникнення стихійних лих, що можуть становити небезпеку для навколишнього середовища, Спільна комісія скликається терміново, не пізніше, ніж через 72 години, та готує пропозиції стосовно заходів для їхнього усунення.
Кожна Сторона несе витрати, пов'язані з участю її делегації в засіданнях Спільної Комісії. Сторона, що приймає, бере на себе організаційні витрати, пов'язані із засіданнями Спільної Комісії.