Координація процесів формування та функціонування ЄЕП здійснюється відповідними органами, структура яких формується з урахуванням рівня інтеграції.
Органи ЄЕП створюються на основі поєднання міждержавних елементів та принципу передачі частини повноважень Сторін єдиному регулюючому органу з поступовим підвищенням значущості останнього.
Здійснення координації та управління формуванням і функціонуванням ЄЕП на міждержавному рівні забезпечується Радою глав держав (далі - РГД).
Кількість голосів кожної держави-учасниці в рамках РГД розподіляється виходячи з принципу "одна держава - один голос". Рішення РГД приймаються консенсусом.
Сторони засновують єдиний регулюючий орган ЄЕП, якому вони на основі міжнародних договорів делегують частину своїх повноважень. Його рішення є обов'язковими для виконання усіма Сторонами.
У єдиному регулюючому органі ЄЕП рішення з усіх питань приймаються виваженим голосуванням. Кількість голосів кожної зі Сторін визначається з урахуванням її економічного потенціалу. Розподіл голосів встановлюється на основі домовленості Сторін.
Будь-яка Сторона має право внести до РГД пропозицію про перегляд рішення єдиного регулюючого органу ЄЕП.
Окремим міжнародним договором буде передбачено механізм компенсації, якщо прийняте рішення завдає суттєвих економічних збитків одній або декільком Сторонам.