Управління рухом транзитних військовий поїздів через територію Чеської і Словацької Федеративної Республіки забезпечуватиме Чехословацька Сторона, а на території України - Українська Сторона власними органами і засобами. З метою організації взаємодії начальника транзитного військового поїзда Чехословацька Сторона виділяє супровід у складі представників залізничних військ і федеральної залізничної поліції Чеської і Словацької Федеративної Республіки.
Начальник транзитного військового поїзда з питань руху транзитного військового поїзда зобов'язаний керуватися вказівками цих представників на території Чеської і Словацької Федеративної Республіки, а на території України - вимогами військових комендантів на шляхах сполучення.
Для вирішення питань, що стосуються перевантаження вантажів, взаємодії та контролю за перевезеннями Російська Федерація створює безпосередньо у районі перевантаження оперативну групу.