Комісія складається з української та угорської частин, які очолюються призначеними Договірними Сторонами Головами. Голова кожної з частин Комісії призначає секретаря своєї частини.
Комісія для розгляду певних питань може створювати підкомісії, робочі групи, з визначенням їх компетенції, завдань і строків дії.