Засідання Комісії проводиться в міру необхідності, по черзі в Україні і Туркменістані. На засіданні Комісії головує співголова Комісії, на території держави якої проводиться засідання. Порядок денний чергового засідання Комісії попередньо узгоджується Сторонами не пізніше, ніж за місяць до чергового засідання Комісії. У разі необхідності за взаємною домовленістю Сторін проводяться позачергові засідання, зустрічі голів та засідання робочих органів.
На засідання Комісії кожна Сторона може залучати необхідну кількість фахівців або експертів.