Комісія складається з двох національних частин - української та туркменської. Кожна Сторона відповідно до свого національного законодавства призначає голову відповідної національної частини Комісії (далі - співголова), відповідального секретаря та членів Комісії. Комісія у разі необхідності може створювати за окремими напрямками двостороннього економічного співробітництва підкомісії і робочі групи (далі - робочі органи), які здійснюють свою діяльність під її керівництвом.