Основними завданнями Комісії є:
координація діяльності міністерств, відомств і організацій держав Сторін з питань підготовки проектів двосторонніх документів з економічного і культурно-гуманітарного співробітництва;
сприяння розвитку торговельно-економічного, науково-технічного та культурно-гуманітарного співробітництва між державами Сторін;
моніторингу ходу виконання міжнародних договорів, укладених між Україною і Туркменістаном, та інших двосторонніх домовленостей, включаючи рішення, прийняті на засіданнях Комісії;
внесення Сторонам пропозицій з оптимізації розвитку двосторонніх відносин;
підготовка та узгодження програм торговельно-економічного, науково-технічного та гуманітарного співробітництва, а також розробки узгоджених заходів з їх реалізації.
Комісія визначає свій регламент і програму роботи відповідно до положень цієї Угоди.