Транзитні перевезення військових формувань по території України здійснюються згідно з планами Центрального управління військових сполучень Міністерства оборони Російської Федерації на підставі дозволів, які видаються Комісією.
Заявка на отримання дозволу подається на кожний військовий ешелон за встановленим порядком на ім'я Голови Комісії в Експертно-технічний комітет при Кабінеті Міністрів України не пізніше ніж за 30 діб до відправлення відповідного транзитного військового ешелону.
У заявці зазначаються дата початку перевезення, кількість та вид рухомого складу, повний перелік озброєння, боєприпасів і військов техніки, їх компонентів, комплектуючих, комплектів ЗМП, які перевозяться в кожному ешелоні, пункт (пункти) пропускання через державний кордон України.
При наявності узгодженого графіка перевезень Українська Сторона видає дозвіл на відправлення ешелону протягом 7 днів з дня подання заявки.
Вантажі, які не зазначені в дозволі (за винятком особистого майна осіб, що входять до складу військових формувань і членів їх сімей), через державний кордон України не пропускаються.
Дата відправлення чергового транзитного військового ешелону на підставі затвердженого графіка виведення військових формувань узгоджується Центральним управлінням військових сполучень Міністерства оборони Російської Федерації з Центральним управлінням військових сполучень Тилу Збройних Сил України не пізніше ніж за 20 діб до його відправлення.
Під час узгодження військових перевезень військових формувань у відповідних документах зазначаються номер військового ешелону, кількість і вид рухомого складу, пункт (пункти) перетинання державного кордону України.
Плата за транзит здійснюється Міністерством оборони Російської Федерації транспортним організаціям України за тарифами і правилами, що діють на залізничному транспорті України, через експедиторські фірми, з якими Міністерство оборони Російської Федерації укладає відповідні договори.