Управління військовими міждержавними перевезеннями здійснюється на території України Центральним управлінням військових сполучень Тилу Збройних Сил України і управлінням військових перевезень Міністерства внутрішніх справ України, а на території Російської Федерації - Центральним управлінням спецыальних сполучень Міністерства оборони Російської Федерації і Управлінням спеціальних перевезень Міністерства внутрішніх справ.
Щодобово станом на 6.00 і 18.00 за московським часом звітних діб Центральне управління військових сполучень Тилу Збройних Сил України та управління спеціальних перевезень Міністерства внутрішніх справ України і Центральне управління військових сполучень Міністерства оборони Російської Федерації та управління спеціальних перевезень Міністерства внутрішніх справ Російської Федерації відповідно обмінюються інформацією про стан справ з військовими міждержавними перевезеннями і, при необхідності, спільно приймають рішення в межах своєї компетенції.