Планування військових міждержавних перевезень згідно з цією Угодою здійснюється:
в Україні - Центральним управлінням військових сполучень Тилу Збройних Сил України (в інтересах Міністерства оборони Російської Федерації) і Управлінням спеціальних перевезень Міністерства внутрішніх справ України (в інтересах Міністерства внутрішніх справ Російської Федерації, Федеральної служби безпеки Російської Федерації, Федерального агентства урядового зв'язку та інформації і Федеральної прикордонної служби Російської Федерації);
у Російській Федерації - Центральним управлінням військових сполучень Міністерства оборони Російської Федерації (в інтересах Міністерства оборони України), і Управлінням спеціальних перевезень Міністерства внутрішніх справ Російської Федерації (в інтересах Міністерства внутрішніх справ України, Служби безпеки України, управління урядового зв'язку України і Державного комітету в справах охорони Державного кордону України).