Співробітництво, передбачене статтею 2, здійснюватиметься і між міністерствами, відомствами, академіями наук, науково-дослідними установами, вищими навчальними закладами, фірмами, організаціями, товариствами, окремими вченими та фахівцями обох держав в межах їхньої компетенції на основі прямих угод відповідно до національних законодавств.
Загальне керівництво і координація співробітництва будуть здійснюватися Державним комітетом України з питань науки, техніки та промислової політики (українська Сторона) і Міністерством науки та нових технологій Республіки Казахстан (казахстанська Сторона).
Питання реалізації співробітництва, його економічні та організаційні умови, а саме:
- цілі і зміст співробітництва, завдання та очікувані результати, строки й умови їх реалізації;
- джерела фінансування робіт, які виконуються в кожній з держав у рамках співробітництва, спільні фінансові зобов'язання;
- порядок спільного використання науково-технічних об'єктів, а також використання результатів спільних досліджень і регулювання питань інтелектуальної та промислової власності;
- порядок вирішення спірних питань і порядок відшкодування збитків, які можуть бути заподіяні партнерам особами, що беруть участь у реалізації співробітництва;
- порядок участі у співробітництві осіб третіх держав або міжнародних організацій, фінансового забезпечення такої участі та використання результатів співробітництва цими особами або організаціями;
- відповідальність за вірогідність інформації та якість матеріалів і обладнання, які передаються одне одному у процесі співробітництва;
- умови проходження стажувань вченими, викладачами, аспірантами, студентами;
- порядок атестації наукових і науково-педагогічних кадрів вищої кваліфікації, нострифікації відповідних документів будуть визначатися безпосередньо міністерствами, відомствами та іншими організаціями, які співробітничають на основі прямих угод.