Для реалізації цілей цієї Угоди та вироблення рекомендацій щодо вдосконалення торговельно-економічного співробітництва, рішення всіх спірних питань Договірні Сторони погодились заснувати двосторонню Комісію.
Основними завданнями зазначеної Комісії є:
- розгляд питань, що стосуються тлумачення та застосування цієї Угоди;
- аналіз розвитку двосторонніх торговельно-економічних зв'язків;
- розробка пропозицій щодо поліпшення умов торговельно-економічного співробітництва між двома державами та перспектив його подальшого розвитку;
- розгляд питань експортного контролю, включаючи переліки товарів, що підлягають контролю, методи та форми контролю їх експорту, фактів порушення вимог експортного контролю;
- розгляд та реалізація цієї Угоди і розробка відповідних рекомендацій.
Засідання Комісії проводяться за пропозицією однієї з Договірних Сторін, але не рідше одного разу на рік почергово в Україні та Литовській Республіці.