Співробітництво, що передбачене в Статті 2, буде здійснюватися між міністерствами, відомствами, академіями наук, науково-дослідними установами, вищими учбовими закладами, фірмами, організаціями, товариствами, окремими вченими та фахівцями обох держав, в межах їхньої компетенції, на основі прямих угод у відповідності з національними законодавствами.
Сторони сприятимуть роботі міжнародних наукових організацій, які здійснюють свою діяльність на території України і Киргизької Республіки, в тому числі - Міжнародній асоціації академії наук.
Загальне керівництво та координація співробітництва буде здійснюватися Державним комітетом України з питань науки, техніки та промислової політики (українська сторона) та Комітетом по науці і новим технологіям Міністерства освіти і науки Киргизької Республіки (киргизька сторона).
Прямі угоди повинні визначати питання реалізації співробітництва, його економічні та організаційні умови, а саме:
- цілі та зміст співробітництва, завдання та очікувані результати, строки та умови їхньої реалізації;
- джерела фінансування робіт, які виконуються в кожній із держав у рамках співробітництва, взаємні фінансові зобов'язання;
- порядок спільного використання науково-технічних об'єктів, а також використання результатів спільних досліджень та розподілу прав на інтелектуальну власність, що створюється в результаті співробітництва;
- порядок вирішення спірних питань та порядок відшкодування збитків, що можуть бути завдані партнерам особами, які беруть участь у реалізації співробітництва під час безпосереднього виконання ними обов'язків у рамках співробітництва;
- порядок участі у співробітництві організацій та осіб третіх держав або міжнародних організацій, фінансового забезпечення такої участі та використання результатів співробітництва цими особами чи організаціями;
- відповідальність за достовірність інформації та якість матеріалів і устаткування, що передаються одне одному у процесі співробітництва.