Комісія складається з української та естонської частин. Комісія проводить свої засідання не рідше одного разу на рік по черзі в Україні і в Естонській Республіці, під головуванням приймаючої Сторони. Строки проведення засідань погодяться Сторонами не пізніше, ніж за місяць до дати проведення засідання.
Комісія для розгляду визначених питань може створювати підкомісії, робочі групи, з визначенням їх компетенції, завдань і строків дії.
З ініціативи кожної зі Сторін можна скликати позачергове засідання Комісії.
Робоча мова засідань Комісії - російська.