Наявність фітосанітарного сертифіката не виключає права кожної із Договірних Сторін проводити карантинну перевірку вантажів згідно з фітосанітарними вимогами своєї країни в обумовлених прикордонних пунктах з карантину рослин.
Фітосанітарний контроль повинен здійснюватись безпосередньо після надходження підкарантинних вантажів на прикордонних пунктах з карантину рослин.
Відповідні компетентні органи Договірних Сторін мають право на повернення підкарантинного вантажу експортеру, коли при фітосанітарному догляді в прикордонному пункті країни-імпортера виявлені карантинні об'єкти і нема можливості провести знезараження згідно з фітосанітарними правилами країни-імпортера.