Науково-технічне співробітництво Сторін буде здійснюватися міністерствами, відомствами, академіями наук, науково-дослідними установами, вищими навчальними закладами, фірмами, науковими організаціями, товариствами, окремими вченими і спеціалістами обох держав у межах їх компетенції на основі прямих угод, договорів і контрактів між ними відповідно до національних законодавств.
Загальне керівництво і координація співробітництва буде здійснюватися Міністерством України у справах науки і технологій і Державним комітетом з науки і техніки Азербайджанської Республіки. Прямі угоди, договори та контракти між організаціями, які здійснюють співробітництво, повинні визначати питання реалізації співробітництва, його економічні та організаційні умови, а саме:
цілі та зміст співробітництва, завдання й очікувані результати, строки та умови їхньої реаліації;
джерела фінансування робіт, що виконуються в кожній із держав в рамках співробітництва, взаємні фінансові зобов'язання;
порядок спільного використання науково-технічних об'єктів, а також використання результатів спільних досліджень і регулювання питань розподілу прав на інтелектуальну власність, яка може бути створена в результаті співробітництва;
порядок вирішення спірних питань і порядок відшкодування збитків, які можуть бути завдані партнерам особами, що беруть участь у реалізації співробітництва, під час безпосереднього виконання ними зобов'язань у рамках співробітництва;
відповідальність за достовірність інформації, якість матеріалів та обладнання, що передаються один одному в процесі співробітництва.