Спори щодо тлумачення і застосування цієї Угоди розв'язуються Змішаною комісією, яка створюється відповідно до статті 24 Угоди між Україною і Російською Федерацією про статус та умови перебування Чорноморського флоту Російської Федерації на території України від 28 травня 1997 року ( 643_076 ).
У разі коли Змішана комісія не зможе розв'язати переданий їй спір, він буде розв'язуватися дипломатичним шляхом у якнайкоротший строк.