Для виконання положень цієї Угоди компетентними урядовими органами з Української сторони є Державний комітет України по використанню ядерної енергії, Державний комітет України з ядерної та радіаційної безпеки, з Російської сторони - Міністерство Російської Федерації по атомній енергії, Федеральний нагляд за ядерною і радіаційною безпекою Росії (у частині зобов'язань по нагляду за ядерною і радіаційною безпекою).