Координація взаємодії Сторін в рамках цієї Угоди здійснюється з Української Сторони - Міністерством промисловості України і Міністерством охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України, з Російської Сторони - Міністерством економіки Російської Федерації і Державним комітетом Російської Федерації по охороні навколишнього середовища.