Компетентними органами Сторін є:
з питань реалізації положень цієї Угоди і розгляду спірних питань:
від Болгарської Сторони - Міністерство економіки та енергетики;
від Російської Сторони - Федеральне агентство з атомної енергії;
від Української Сторони - Державний комітет ядерного регулювання України;
з питань регулювання і нагляду за ядерною та радіаційною безпекою:
від Болгарської Сторони - Агентство ядерного регулювання;
від Російської Сторони - Федеральна служба з екологічного, технологічного та атомного нагляду;
від Української Сторони - Державний комітет ядерного регулювання України;
з питань фізичного захисту спеціальних вантажів та, зокрема, їх охорони:
від Болгарської Сторони - Агентство з ядерного регулювання (фізичний захист, крім охорони) та Міністерство внутрішніх справ (охорона);
від Російської Сторони - Федеральне агентство з атомної енергії (фізичний захист, крім охорони) і Міністерство внутрішніх справ Російської Федерації (охорона);
від Української Сторони - Державний комітет ядерного регулювання України (фізичний захист, крім охорони) і Міністерство внутрішніх справ України (охорона);
з питань перевезень спеціальних вантажів:
від Болгарської Сторони - Міністерство транспорту;
від Російської Сторони - Міністерство транспорту Російської Федерації;
від Української Сторони - Міністерство транспорту та зв'язку України.
Про всі зміни у складі компетентних органів кожна Сторона негайно інформує інші Сторони по дипломатичних каналах.