З метою вирішення практичних питань розподілу Чорноморського флоту та розробки умов базування Військово-Морських Сил України і Військово-Морського Флоту Росії на базі згаданих у цій Угоді принципів і документів створюється Міждержавна комісія Сторін з рівної кількості їх представників та експертів. Персональний склад української та російської частин Комісії та Положення про неї затверджуються відповідно Президентом України та Президентом Російської Федерації, які здійснюють керівництво її роботою.