Засідання Змішаної комісії проводяться на основі погодженого плану роботи не рідше двох разів на рік почергово в Україні і Російській Федерації.
За ініціативою голови однієї з частин Змішаної комісії може бути скликане її позачергове засідання.
В міру необхідності можуть також проводитися зустрічі голів частин Змішаної комісії.
Для підготовки засідань Змішана комісія має право залучати експертів міністерств, відомств, а також представників ділових кіл.
Засідання підкомісій і тимчасових робочих груп скликаються у випадку необхідності і за взаємною домовленістю.