Основними завданнями Змішаної комісії є:
аналіз стану українсько-російського співробітництва, виявлення найбільш перспективних його напрямків і шляхів удосконалення форм взаємодії;
контроль за реалізацією двосторонніх угод і домовленостей, досягнутих на рівні глав держав і урядів Договірних Сторін;
планування і координація підготовки двосторонніх українсько-російських угод, спрямованих на поглиблення взаємодії між Договірними Сторонами, розробки і реалізації пріоритетних програм економічного і науково-технічного співробітництва, заходів для стимулювання міжрегіональної кооперації і ділової взаємодії в підприємницьких колах;
координація діяльності міністерств і відомств, організацій підприємств різних форм власності з метою розвитку двостороннього економічного співробітництва;
консультації з проблем зовнішньої політики, а також взаємодії в рамках Співдружності Незалежних Держав;
організація роботи по обміну досвідом проведення економічних реформ і вироблення пропозицій щодо гармонізації законодавства Договірних Сторін в інтересах розвитку інтеграційних процесів у їхніх взаємовідносинах.