Облік і звітність щодо фінансового забезпечення здійснюються Чорноморським флотом відповідно до діючих на 1 січня 1992 року документів, з поданням звітів за встановленими формами в Міністерствах оборони України і Російської Федерації одночасно в повному обсязі.
Контроль за використанням Чорноморським флотом коштів, що виділяються, здійснюється об'єднаними комісіями Міністерств оборони України і Російської Федерації в узгоджені строки.