Загальний кошторис витрат на утримання Чорноморського флоту починаючи з 1993 року складається в національних валютах і затверджується щорічно Міністерствами оборони України і Російської Федерації в межах виділених їм у встановленому порядку загальних асигнувань. Коригування кошторису здійснюється щоквартально з врахуванням зміни курсів національних валют Сторін.
До складу витрат включаються: виплати грошового утримання військовослужбовцям, заробітної плати робітникам і службовцям, оплата продовольства та речового майна, витрати на експлуатацію та утримання озброєння і військової техніки, оплата пального, пально-мастильних матеріалів та інші витрати, пов'язані з поточним утриманням Чорноморського флоту до його розподілу між Сторонами.