2.1. Керівництво Центром здійснюється виконавчим директором, його заступником та двома помічниками-менеджерами.
2.2. Виконавчий директор призначається двома Сторонами, які підписують Угоду. Заступник виконавчого директора та помічники-менеджери призначаються виконавчим директором.
2.3. Виконавчий директор Центру зобов'язаний:
- забезпечити виконання завдань Центру згідно з даною Угодою;
- опрацювати та узгодити із Сторонами (не пізніше III кварталу попереднього року) тематику занять на наступний рік та до його початку - навчальний план; організувати навчальний процес згідно із згаданими організаційно-навчальними документами;
- підібрати високопрофесійних викладачів з числа вчених, професорсько-викладацького складу вищих навчальних закладів, досвідчених суддів та інших практичних працівників, співпрацювати у цьому із Швейцарською Стороною, забезпечити ретельну підготовку викладачами необхідного навчального та навчально-методичного матеріалу, використання сучасних засобів навчання, його проведення на високому професійному рівні;
- провести та надалі удосконалювати відбір для занять у Центрі найбільш підготовлених та досвідчених суддів, що мають здібності проводити відповідні заняття з іншими суддями на місцевому рівні;
- забезпечити створення належних умов проживання, харчування, підготовки до занять суддів, що залучені до занять у Центрі;
- надавати допомогу управлінням юстиції в областях, містах, Автономній Республіці Крим в організації занять на місцевому рівні за тематикою Центру, залученні до їх проведення вчених і викладачів вищих навчальних закладів відповідного регіону, здійснювати контроль за проведенням згаданих занять;
- забезпечити навчальний процес у Центрі необхідними технічними, навчальними, іншими допоміжними засобами, включаючи електронні; раціонально використовувати надане Центру майно, техніку, інші цінності за їх призначенням, дбати про їх збереження, поповнення та утримання у належному стані;
- своєчасно (не пізніше III кварталу попереднього року) складати бюджет Центру на наступний рік, подавати його Сторонам для розгляду і затвердження, забезпечити витрачання коштів лише згідно з бюджетом, цільовим призначенням, у визначених розмірах;
- щорічно (не пізніше 1 лютого) звітуватися перед Сторонами про навчальну, господарську та фінансову діяльність за минулий рік за встановленими формами.
2.4. З метою здійснення консультативних функцій та надання рекомендацій з найважливіших питань діяльності Центру, зокрема щодо тематики занять, рівня їх проведення, навчального, технічного та іншого забезпечення при Центрі, призначається Дорадча Рада. Голова Дорадчої Ради та її члени призначаються двома Сторонами. У складі останньої бажано забезпечити участь суддів судів загальної юрисдикції, включаючи Верховний Суд України, членів органів суддівського самоврядування, професійних організацій, науковців, журналістів, що висвітлюють тематику здійснення правосуддя, а також представників Швейцарської Сторони у кількості не менше трьох чоловік. Дорадча Рада діє за окремим Положенням, яке затверджується двома Сторонами. Керівництво Дорадчою Радою може співпадати з керівництвом Дирекції, якщо цього вимагатимуть інтереси справи. Рішення Дорадчої Ради приймаються в формі рекомендацій.