Координацію робіт по здійсненню цієї Угоди Сторони доручають Спільній робочій групі, яка розглядатиме конкретні проекти та програми співробітництва, готуватиме пропозиції заінтересованим урядовим органам щодо порядку їх здійснення, а також узгоджуватиме розробку і виконання спільних заходів по співробітництву, які здійснюватимуться відповідно до цієї Угоди.
Спільна робоча група проводитиме свої засідання двічі на рік за взаємною домовленістю по черзі в Україні та в Киргизькій Республіці. За два місяці до засідання Спільної робочої групи Сторони обмінюються своїми пропозиціями для наступного опрацювання. Засідання Спільної робочої групи оформляються протоколами.