Координацію робіт по здійсненню цієї Угоди Сторони доручають Спільній Робочій групі, яка розглядатиме конкретні проекти та програми співробітництва, готуватиме пропозиції зацікавленим урядовим органам щодо порядку їх здійснення, а також узгоджуватиме розробку і виконання заходів по співробітництву, що здійснюватиметься у відповідності з цією Угодою.
Робоча група провадитиме свої засідання двічі на рік за взаємною домовленістю по черзі в Україні та Чехії. За два місяці до засідання Робочої групи Сторони обмінюються своїми пропозиціями для наступної проробки. Засідання Робочої групи оформляються протоколами.