З метою забезпечення ефективного співробітництва в галузі карантину рослин Сторони згідно з чинним законодавством держав Сторін зобов'язуються:
- вживати необхідних заходів щодо запобігання проникненню шкідливих організмів з території держави однієї Сторони на територію держави іншої під час імпорту, експорту і транзиту;
- обмінюватися правилами, положеннями та інструкціями, що регулюють на територіях України і Литовської Республіки заходи з карантину рослин;
- обмінюватися інформацією про появу та розповсюдження шкідливих організмів на територіях держав Сторін;
- обмінюватися інформацією про науково-дослідні роботи в галузі карантину рослин;
- у разі необхідності обмінюватися фахівцями шляхом відрядження з метою здійснення ними вибіркової карантинної перевірки підкарантинних матеріалів у місцях виробництва та заготівлі, оперативного вирішення питань карантину рослин на пунктах пропуску, а також з метою вивчення досягнень науки і практики в галузі карантину рослин;
- надавати науково-методичну допомогу в галузі фітосанітарії, локалізації та ліквідації вогнищ шкідливих організмів, у знезараженні вантажів та ін.;
- у період надзвичайних ситуацій на прохання однієї з Сторін відряджати експедиції у складі фахівців з карантину рослин для термінового вжиття спільних екстрених заходів.