Компетентними органами Сторін є:
а) з питань реалізації цієї Угоди і розгляду спірних питань:
від Української Сторони - Державний комітет ядерного регулювання України;
від Російської Сторони - Державна корпорація з атомної енергії "Росатом";
від Словацької Сторони - Міністерство економіки та будівництва Словацької Республіки;
б) з питань регулювання і нагляду за ядерною та радіаційною безпекою:
від Української Сторони - Державний комітет ядерного регулювання України;
від Російської Сторони - Федеральна служба з екологічного, технологічного та атомного нагляду (в частині нагляду за ядерною і радіаційною безпекою і фізичним захистом), Федеральне медико-біологічне агентство (в частині нагляду за радіаційним захистом);
від Словацької Сторони - Бюро ядерного нагляду Словацької Республіки (в частині регулювання та нагляду за ядерною безпекою та фізичним захистом) і Міністерство охорони здоров'я Словацької Республіки (в частині нагляду за радіаційною безпекою);
в) з питань фізичного захисту спеціальних вантажів, в частині їх охорони:
від Української Сторони - Державний комітет ядерного регулювання України (в частині фізичного захисту, крім охорони) і Головне управління внутрішніх військ Міністерства внутрішніх справ України (в частині охорони);
від Російської Сторони - Державна корпорація з атомної енергії "Росатом" (в частині фізичного захисту, крім охорони) і Міністерство внутрішніх справ Російської Федерації (в частині охорони);
від Словацької Сторони - Міністерство внутрішніх справ Словацької Республіки;
г) з питань перевезень спеціальних вантажів:
від Української Сторони - Міністерство транспорту та зв'язку України;
від Російської Сторони - Міністерство транспорту Російської Федерації;
від Словацької Сторони - Міністерство транспорту, пошт і комунікацій Словацької Республіки.
Про всі зміни у складі компетентних органів кожна Сторона інформує інші Сторони дипломатичними каналами.