Компетентними органами Сторін є:
1) з питань реалізації цієї Угоди і розгляду спірних питань:
- від Української Сторони - Міністерство охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України;
- від Російської Сторони - Міністерство Російської Федерації з атомної енергії;
- від Словацької Сторони - Міністерство транспорту, пошт та телекомунікацій Словацької Республіки;
- від Чеської Сторони - Міністерство промисловості і торгівлі Чеської Республіки;
2) з питань регулювання і нагляду за ядерною та радіаційною безпекою та за фізичним захистом:
- від Української Сторони - Міністерство охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України;
- від Російської Сторони - Федеральний нагляд Росії з ядерної і радіаційної безпеки;
- від Словацької Сторони - Комітет ядерного нагляду Словацької Республіки (ядерна безпека та фізичний захист) і Міністерство охорони здоров'я Словацької Республіки (радіаційний захист);
- від Чеської Сторони - Державне управління з ядерної безпеки Чеської Республіки;
3) з питань фізичного захисту спеціальних вантажів (крім охорони):
- від Української Сторони - Міністерство охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України;
- від Російської Сторони - Міністерство Російської Федерації з атомної енергії;
- від Словацької Сторони - Міністерство транспорту, пошт та телекомунікацій Словацької Республіки;
- від Чеської Сторони - Державне управління з ядерної безпеки Чеської Республіки;
4) з питань забезпечення охорони спеціальних вантажів:
- від Української Сторони - Міністерство внутрішніх справ України;
- від Російської Сторони - Міністерство внутрішніх справ Російської Федерації;
- від Словацької Сторони - Міністерство транспорту, пошт та телекомунікацій Словацької Республіки;
- від Чеської Сторони - Міністерство внутрішніх справ Чеської Республіки;
5) з питань транспортування:
- від Української Сторони - Міністерство транспорту України;
- від Російської Сторони - Міністерство шляхів сполучення Російської Федерації;
- від Словацької Сторони - Міністерство транспорту, пошт та телекомунікацій Словацької Республіки;
- від Чеської Сторони - Міністерство транспорту та зв'язку Чеської Республіки.