Компетентними органами Сторін є:
з питань реалізації положень цієї Угоди і розгляду спірних питань:
- від Української Сторони - Міністерство охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України;
- від Болгарської Сторони - Комітет по енергетиці;
- від Молдавської Сторони - Департамент Цивільного захисту та надзвичайних ситуацій Республіки Молдова;
- від Російської Сторони - Міністерство Російської Федерації з атомної енергії;
з питань регулювання і нагляду за ядерною безпекою та радіаційним захистом:
- від Української Сторони - Міністерство охорони навколишнього природного середовища та ядерної безпеки України;
- від Болгарської Сторони - Комітет з використання атомної енергії в мирних цілях;
- від Молдавської Сторони - Департамент стандартів, метрології та технічного нагляду Республіки Молдова;
- від Російської Сторони - Федеральний нагляд Росії з ядерної та радіаційної безпеки;
з питань фізичного захисту спеціальних вантажів, зокрема, їх охорони:
- від Української Сторони - Міністерство внутрішніх справ України (охорона) і Міністерство охорони навколишнього природного середовища і ядерної безпеки України (фізичний захист, крім охорони);
- від Болгарської Сторони - Міністерство внутрішніх справ:
- від Молдавської Сторони - Міністерство внутрішніх справ Республіки Молдова:
- від Російської Сторони - Міністерство Російської Федерації з атомної енергії (фізичний захист, крім охорони) і Міністерство внутрішніх справ Російської Федерації (охорона);
з питань транспортування:
- від Української Сторони - Міністерство транспорту України;
- від Болгарської Сторони - Міністерство транспорту;
- від Молдавської Сторони - Залізниця Молдови;
- від Російської Сторони - Міністерство шляхів сполучення Російської Федерації.