Комісія проводить свої засідання один раз на рік почергово в Україні та в Ісламській Республіці Афганістан. Скликання позачергового засідання здійснюється за запитом однієї з Договірних Сторін. Місце і час проведення позачергового засідання визначаються за взаємною згодою Договірних Сторін. Веде засідання Голова тієї частини Комісії, в державі якої воно проводиться, або уповноважений представник Уряду цієї держави.
Протоколи засідань Комісії складаються державними мовами Договірних Сторін. Тексти протоколів обома мовами мають однакову силу.
Під час засідання Комісії питання, що включені до порядку денного, обговорюються так само, як і інші питання, які внесені Головами Частин Комісії до порядку денного на початку засідання.
Рішення, які приймає Комісія на засіданнях, мають рекомендаційний характер і вносяться за взаємною згодою до Протоколу засідання, який підписується Головами обох частин Комісії.
У період між засіданнями Комісії відповідальні Секретарі Української та Афганської частин Комісії у разі необхідності, можуть приймати спільні рішення з окремих організаційних питань без проведення засідань. У такому разі прийняті рішення вносяться до протоколу чергового засідання Комісії.