Головні Прикордонні Уповноважені виконують такі функції:
- забезпечують виконання міжнародних договорів між державами Сторін з прикордонних питань;
- оцінюють обстановку на державному кордоні, керують діяльністю прикордонних уповноважених та їх апаратів;
- спільно оцінюють стан режиму державного кордону і розглядають питання, пов’язані з його дотриманням;
- спільно оцінюють ефективність функціонування пунктів пропуску через державний кордон і приймають рішення в цій галузі;
- розглядають прикордонні інциденти, які не врегульовані прикордонними уповноваженими;
- передають на розгляд міністерств закордонних справ держав Сторін питання, пов’язані з прикордонними інцидентами, що не врегульовані Головними Прикордонними Уповноваженими;
- надають сприяння у перетині державного кордону аварійно-рятувальним службам, направленим для ліквідації надзвичайних ситуацій природного і техногенного характеру, і в інших випадках, передбачених міжнародними договорами між державами Сторін;
- виконують інші функції, передбачені міжнародними договорами між державами Сторін.