Сторони здійснюють співробітництво за такими основними напрямками:
- організація діяльності органів ядерного регулювання та безпеки при використанні ядерної енергії;
- організація та проведення аналізу звітів з безпеки ядерних установок в Україні та в Чеській Республіці на стадіях проектування, вводу в експлуатацію, експлуатації, включаючи модернізацію і реконструкцію та зняття з експлуатації;
- організація та проведення аналізів безпеки щодо перевезення ядерних матеріалів;
- практика проведення інспекцій та заходів примусового впливу і санкцій, що застосовуються;
- організація та контроль за станом систем фізичного захисту ядерних матеріалів і ядерних установок;
- розробка, застосування та періодичний перегляд правил і норм з ядерної та радіаційної безпеки при використанні ядерної енергії, радіаційного захисту та фізичного захисту, а також нормативних та методичних документів щодо здійснення регулюючої діяльності, включаючи процедури ліцензування, атестації та сертифікації;
- нагляд за організацією та станом обліку і контролю ядерних матеріалів і продукції на їх основі;
- нагляд за поводженням з радіоактивними відходами та відпрацьованим ядерним паливом, їх утилізацією та захороненням;
- нагляд за якістю устаткування, яке впливає на безпеку ядерних установок;
- нагляд за радіаційним захистом і радіаційний моніторинг на ядерних установках, уранових підприємствах, установках з поводження з радіоактивними відходами та значних джерелах іонізуючого випромінювання.